Grotte di Castro sorge di fronte alla collina “Civita”, sito di un insediamento etrusco della seconda metà dell'VIII secolo a.C., rimasto vitale fino alla devastazione longobarda che costrinse gli abitanti a rifugiarsi sulla rupe, in seguito denominata Castrum Cryptarum per le numerose grotte utilizzate nel tempo come abitazioni, colombaie e cantine. Il borgo si è sviluppato lungo un sentiero di crinale che parte dal promontorio sovrastante il lago, dove un tempo sorgeva la chiesa parrocchiale di San Giovanni (VIII-X secolo), oggi Basilica Santuario di Maria SS. del Suffragio, progettata da Girolamo Rainaldi (1625). Lungo questo asse principale si trova la Chiesa di San Pietro Apostolo (1118), mentre la fortezza che difendeva l'ingresso principale rimase in piedi fino al 1346, lasciando la sua impronta nella piazza che ancora oggi ne porta il nome. Sempre sulla sommità della rupe, circondato da due strade collegate da caratteristici vicoli nella parte alta, nella seconda metà del XVI secolo Jacopo Barozzi, detto “Il Vignola”, progettò il Palazzo, oggi sede del Museo Archeologico di Civita. Dal 1537 al 1649, la zona fece parte del Ducato di Castro, dopodiché tornò sotto il controllo della Santa Sede, ottenendo l'autonomia con l'Unità d'Italia. Durante questo periodo furono costruite, al di fuori del centro storico, la Fontana Grande (1886) e la Chiesa di San Marco (fine XIX - inizio XX secolo).